Conformément au règlement de la compétition, le Soudan, le pays organisateur sera la tête de série du groupe A, et la RD Congo, détentrice du trophée, sera la tête de série du groupe C. Le Ghana, finaliste, et le Sénégal, demi-finaliste de la 1e édition du CHAN 2009, seront placés dans le chapeau numéro 1 et seront les têtes de série des groupes B et D.